Printed from https://www.webqc.org

Молекулярный конвертер форматов

Загрузите файл с молекулой или вставте / напечатайте молекулы в области ниже.
Выбор входа и выводе форматов и нажмите кнопку 'Преобразовать!'.
Молекула в формате входного файла
Формат ввода
Формат вывода
Параметры          

Использование конвертера молекулярного формата

Этот инструмент преобразует данные о молекулярной структуре между различными форматами файлов, обычно используемыми в вычислительной химии и молекулярном моделировании. Вы можете либо загрузить файл, либо вставить молекулярные данные непосредственно в текстовую область.

Просто выберите формат входных данных, вставьте или загрузите молекулярные данные, выберите желаемый формат вывода и нажмите «Конвертировать», чтобы получить преобразованную структуру.

Варианты конвертации

Координаты центра

Центрирует молекулярную структуру в точке начала координат (0,0,0). Полезно для стандартизации положения молекул.

Добавить водороды

Автоматически добавляет атомы водорода в структуру, где это химически целесообразно. Полезно при конвертации из форматов, которые явно не содержат атомы водорода.

Удалить водороды

Удаляет все атомы водорода из структуры. Полезно для создания упрощённых представлений или уменьшения размера файла.

Примеры ввода

Пример формата XYZ
3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Первая строка: количество атомов, Вторая строка: заголовок/комментарий, Следующие строки: символ атома и координаты x, y, z.

Пример формата SMILES
CCO

Представляет этанол: CCO с неявными атомами водорода

Пример формата MOL
  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Содержит координаты атомов и информацию о связях

Советы для достижения наилучших результатов

  • Убедитесь, что выбранный вами формат ввода соответствует фактическому формату данных.
  • Для преобразования 2D в 3D координаты могут потребовать оптимизации после преобразования.
  • При конвертации в форматы вычислительной химии проверьте заряд и кратность
  • Обработка больших структур может занять больше времени — будьте терпеливы со сложными молекулами.
  • При некоторых преобразованиях форматов возможна потеря информации (например, заказы на облигации в формате XYZ).
  • Всегда проверяйте, является ли выходная структура химически обоснованной.

Ограничения на размер файла

Максимальный размер файла 1,024 KB. Для больших файлов рассмотрите возможность разделения на более мелкие структуры или использования настольного программного обеспечения.

Полный список поддерживаемых молекулярных форматов

Этот конвертер поддерживает более 100 различных форматов молекулярных файлов через OpenBabel. В таблице ниже представлены все доступные форматы и их возможности:

ФорматОписаниеВходВыход
abinitABINIT Output Format✓
acesinACES input format✓
acesoutACES output format✓
acrACR format✓
adfADF cartesian input format✓
adfbandADF Band output format✓
adfdftbADF DFTB output format✓
adfoutADF output format✓
alcAlchemy format✓✓
aoforceTurbomole AOFORCE output format✓
arcAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format✓
asciiASCII format✓
axsfXCrySDen Structure Format✓
bgfMSI BGF format✓✓
boxDock 3.5 Box format✓✓
bsBall and Stick format✓✓
c09outCrystal 09 output format✓
c3d1Chem3D Cartesian 1 format✓✓
c3d2Chem3D Cartesian 2 format✓✓
cacCAChe MolStruct format✓
caccrtCacao Cartesian format✓✓
cacheCAChe MolStruct format✓
cacintCacao Internal format✓
canCanonical SMILES format✓✓
carAccelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format✓
castepCASTEP format✓
cccCCC format✓
cdjsonChemDoodle JSON✓✓
cdxChemDraw binary format✓
cdxmlChemDraw CDXML format✓✓
chtChemtool format✓
cifCrystallographic Information File✓✓
ckChemKin format✓✓
cmlChemical Markup Language✓✓
cmlrCML Reaction format✓✓
cofCulgi object file format✓✓
comGaussian Input✓
confabreportConfab report format✓
CONFIGDL-POLY CONFIG✓✓
CONTCARVASP format✓✓
CONTFFMDFF format✓✓
copyCopy raw text✓
crk2dChemical Resource Kit diagram(2D)✓✓
crk3dChemical Resource Kit 3D format✓✓
csrAccelrys/MSI Quanta CSR format✓
cssrCSD CSSR format✓
ctChemDraw Connection Table format✓✓
cubGaussian cube format✓✓
cubeGaussian cube format✓✓
dallogDALTON output format✓
dalmolDALTON input format✓✓
datGeneric Output file format✓
dmolDMol3 coordinates format✓✓
dxOpenDX cube format for APBS✓✓
entProtein Data Bank format✓✓
exyzExtended XYZ cartesian coordinates format✓✓
faFASTA format✓✓
fastaFASTA format✓✓
fchGaussian formatted checkpoint file format✓
fchkGaussian formatted checkpoint file format✓
fckGaussian formatted checkpoint file format✓
featFeature format✓✓
fhFenske-Hall Z-Matrix format✓
fhiaimsFHIaims XYZ format✓✓
fixSMILES FIX format✓
fpsFPS text fingerprint format (Dalke)✓
fptFingerprint format✓
fractFree Form Fractional format✓✓
fsFastsearch format✓✓
fsaFASTA format✓✓
g03Gaussian Output✓
g09Gaussian Output✓
g16Gaussian Output✓
g92Gaussian Output✓
g94Gaussian Output✓
g98Gaussian Output✓
galGaussian Output✓
gamGAMESS Output✓
gamessGAMESS Output✓
gaminGAMESS Input✓✓
gamoutGAMESS Output✓
gauGaussian Input✓
gjcGaussian Input✓
gjfGaussian Input✓
gotGULP format✓
gprGhemical format✓✓
gr96GROMOS96 format✓
groGRO format✓✓
gukinGAMESS-UK Input✓✓
gukoutGAMESS-UK Output✓✓
gzmatGaussian Z-Matrix Input✓✓
hinHyperChem HIN format✓✓
HISTORYDL-POLY HISTORY✓
inchiInChI format✓✓
inchikeyInChIKey✓
inpGAMESS Input✓✓
insShelX format✓
jinJaguar input format✓✓
joutJaguar output format✓
kCompare molecules using InChI✓
lmpdatThe LAMMPS data format✓
logGeneric Output file format✓
lpmdLPMD format✓✓
maeMaestro format✓✓
maegzMaestro format✓✓
mcdlMCDL format✓✓
mcifMacromolecular Crystallographic Info✓✓
MDFFMDFF format✓✓
mdlMDL MOL format✓✓
ml2Sybyl Mol2 format✓✓
mmcifMacromolecular Crystallographic Info✓✓
mmdMacroModel format✓✓
mmodMacroModel format✓✓
mnaMultilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)✓
molMDL MOL format✓✓
mol2Sybyl Mol2 format✓✓
moldMolden format✓✓
moldenMolden format✓✓
molfMolden format✓✓
molreportOpen Babel molecule report✓
mooMOPAC Output format✓
mopMOPAC Cartesian format✓✓
mopcrtMOPAC Cartesian format✓✓
mopinMOPAC Internal✓✓
mopoutMOPAC Output format✓
mpMolpro input format✓
mpcMOPAC Cartesian format✓✓
mpdMolPrint2D format✓
mpoMolpro output format✓
mpqcMPQC output format✓
mpqcinMPQC simplified input format✓
mrvChemical Markup Language✓✓
msiAccelrys/MSI Cerius II MSI format✓
msmsM.F. Sanner's MSMS input format✓
nulOutputs nothing✓
nwNWChem input format✓
nwoNWChem output format✓
orcaORCA output format✓
orcainpORCA input format✓
outGeneric Output file format✓
outmolDMol3 coordinates format✓✓
outputGeneric Output file format✓
paintPainter format✓
pcPubChem format✓
pcjsonPubChem JSON✓✓
pcmPCModel Format✓✓
pdbProtein Data Bank format✓✓
pdbqtAutoDock PDBQT format✓✓
pngPNG 2D depiction✓
pointcloudPoint cloud on VDW surface✓
posPOS cartesian coordinates format✓
POSCARVASP format✓✓
POSFFMDFF format✓✓
povPOV-Ray input format✓
pqrPQR format✓✓
pqsParallel Quantum Solutions format✓✓
prepAmber Prep format✓
pwscfPWscf format✓
qcinQ-Chem input format✓
qcoutQ-Chem output format✓
reportOpen Babel report format✓
resShelX format✓
rinchiRInChI✓
rsmiReaction SMILES format✓✓
rxnMDL RXN format✓✓
sdMDL MOL format✓✓
sdfMDL MOL format✓✓
siestaSIESTA format✓
smiSMILES format✓✓
smilesSMILES format✓✓
smySMILES format using Smiley parser✓
stlSTL 3D-printing format✓
svgSVG 2D depiction✓
sy2Sybyl Mol2 format✓✓
t41ADF TAPE41 format✓
tddThermo format✓✓
textRead and write raw text✓✓
thermThermo format✓✓
tmolTurboMole Coordinate format✓✓
txtTitle format✓✓
txyzTinker XYZ format✓✓
unixyzUniChem XYZ format✓✓
VASPVASP format✓✓
vmolViewMol format✓✓
wlnWiswesser Line Notation✓
xedXED format✓
xmlGeneral XML format✓
xsfXCrySDen Structure Format✓
xyzXYZ cartesian coordinates format✓✓
yobYASARA.org YOB format✓✓
zinZINDO input format✓

Примечание: Форматы изображений (PNG, SVG) и форматы 3D-печати (STL) предназначены только для вывода и создают визуальные представления или 3D-модели молекулярных структур, а не координатные данные.

Оставьте нам отзыв о своем опыте работы с балансировкой уравнений химических реакций.
Меню Уравнять Молярная масса Газовые законы Единицы Химические инструменты Периодическая таблица Химический форум Симметрия Константы Делать вклад Связаться с нами
Как цитировать?
Выбрать языкDeutschEnglishEspañolFrançaisItalianoNederlandsPolskiPortuguêsРусский中文日本語한국어